En 2002, tras la venta de Diego Forlán al Manchester United, se quedó con un plantel diezmado y anotó sólo 14 goles en los 19 partidos del Torneo Clausura 2002, terminando por primera vez en última posición (20.º) y comprometiéndose con el descenso. Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, camiseta de belgica apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones.
