El Rojo debutó en el torneo de la Primera B Nacional 2013-14 con una derrota por 1-2 en su propia cancha ante Brown de Adrogué, equipo recién ascendido desde tercera división. A partir de allí el Rojo entró en una senda de victorias y terminó el primer semestre en puestos de ascenso. El partido que condenó a Independiente al descenso, luego de 101 años de participación consecutiva en Primera, fue una derrota por 0-1 ante San Lorenzo (gol de Ángel Correa) en la penúltima fecha en el Estadio Libertadores de América, camiseta belgica siendo el episodio más triste en la historia del club.
