De allí en más comenzó a atravesar malas y regulares campañas en los torneos de Primera División, destacándose únicamente un subcampeonato en el Torneo Clausura 2000 y el campeonato del Torneo Apertura 2002, el último campeonato de liga ganado por Independiente a día de hoy. La expresión futbolera de Paladar Negro nace justamente en las plateas de Independiente y se refiere a la exquisitez del fútbol mismo, al juego de habilidad, al perfeccionismo en la cancha.
