Entre 1998 y 2001 participó en todas las ediciones de la Copa Mercosur, torneo oficial que reemplazó a la Supercopa, camiseta belgica mundial 2022 apenas llegando a cuartos de final en la mejor de las participaciones. Ante esta situación, hubo una depuración del plantel donde los futbolistas de mayor valor de mercado, o bien terminaron sus contratos, o bien fueron vendidos por cifras inferiores a las previstas, como es el caso de Alan Velasco, figura de la Selección Argentina sub-17, que pasó por $7 millones de dólares al FC Dallas.
